首先是怒队的通关剧情，因为大蛇之力被无界等人解封了，导致莉安娜再度进入血之狂暴中：
拉尔夫：逃走了呢
克拉克：抓捕失败说明我们有些大意了
拉尔夫：在这儿发牢骚也不行啊，撤退吧
拉尔夫：嗯，怎么了，LEONA？
LEONA：力量......
觉醒莉安娜：呃啊！
拉尔夫：LEONA
拉尔夫和克拉克立刻上前进行压制
拉尔夫：我们要在这一瞬间就控制她，克拉克
哦啊！
一番激战后，莉安娜清醒过来：
LEONA：大佐......
拉尔夫：果然还是迟了，又恢复原形了
哥两个被打的够惨
拉尔夫：真是那啥啊
拉尔夫：我们先休息，报告的事交给你了
LEONA：了解
然后是K队的通关剧情，前半段没有特殊情节，只是提到库拉现在正在被前音巢干部戴安娜照顾：
事件结束后，鞭子打电话给戴安娜，询问库拉的情况：
WHIP：我那个可爱的妹妹过的好吗？
戴安娜：啊，那个孩子还以为你们扔下她不管了呢
然后鞭子把这次大会的黑幕告诉了戴安娜，但是戴安娜表示兴趣不大，因为对音巢组织没什么好处，这时镜头会给到戴安娜和库拉
WHIP（电话中）：还有今年的KOF背后的黑幕
戴安娜：原来是这样，我想对我们的组织好像没有什么好处呢。
然后跳转到K的一边，K在回想与无界的最后对话：
无界：我会一直期待着的
K DASH：真是无聊！
突然间K的右手手套失控，赤炎燃烧了起来：
K DASH：呃
K DASH：哦啊！
WHIP：没事吧？
K DASH：没有
MAXIMA：手套出故障了吗？
K DASH：不是，是赤炎本身的力量。应该是那家伙的力量与我的力量起了共鸣。
这里的意思就是说K和京都拥有赤炎的力量（K是被音巢移植了京的能力），因此会产生相互感应，也暗示了草薙京那边出现了什么状况。然后K决定先去接库拉，再处理其他的事情，K队的剧情到此结束
这里插一句，K和无界之间的特殊对话，本来是被SNK当作伏笔来设置的，港漫的2003中也参照了这个部署，于是原创了K在漫画中的剧情。但是后续作品官方并没有填这个坑。总之音巢篇之后K的位置就比较尴尬，毕竟K的能力说实话是盗版来的ORZ
然后是阿修队，先介绍下阿修队的成员，这一队里可是有两个中国人：
阿修，法国人，简称雀斑男
堕珑，部署是飞贼龙的儿子，为了寻找龙而四处奔走
神武，来自中国上海的小混混（当然战力很强），参加KOF纯属为了过瘾
当用阿修队击败无界后：
堕珑：逃走了吗？
阿修：可行，倒像是我们被放出来了呢
神武：哦啊！！！！
神武：我是无法忍受他们就这样走了的
神武：我会追上那家伙的
神武：我要让他们看看谁是最强的
然后神武就先行离开了
阿修：那就好好期待我们再会的时候吧，哈哈
神武：那好吧，我就期待我们再会面的时候吧，再见了。
阿修：接下来你是怎么样的打算呢？
堕珑：这个嘛...
这是堕珑突然感应到了龙的气息：
堕珑：（那家伙的气息越来越近了）
堕珑：对不起，我失礼了，我得走了
堕珑：看来有人在等着我呢
阿修表示自己也正好有些事情，两人就此告别：
阿修：看来大家都很忙呢，其实我也有些事情呢
阿修：那这样的话，我们就再会面吧
堕珑：真是个难对付的家伙呢，再见了
然后堕珑离开之后：
阿修：接下来，就为我的计划画上一个句点了。
那么阿修要去干什么呢？还有前面K的力量暴走到底是因为什么呢？我们来看最后一支队伍的剧情，三神器队（后续作品的剧情都是承接三神器队的结局）：
在本次大会中，京庵以及神乐再度组成三神器队出战，但是神乐因为被操控成为小BOSS，京庵连手击倒神乐双子，之后对决无界，一番苦战后终于战胜无界，无界逃走，剧情就从此时展开：
草薙京：按照他们最后说的，遥彼那些家伙和那个封印的东西有着某种关联？
草薙京：他们期待的就是这个吗？
这时神乐检查了大蛇的封印，此时她已经受伤：
神乐千鹤：封印好像没受损
草薙京：神乐，你的伤是？
这里概念一下，剧情里面和无界对决的是京庵两人，神乐被打败之后就没有现身了
神乐千鹤：只是刚才的一战造成的
神乐千鹤：而且万龟的伤也转移到了我的身上
神乐千鹤：这个用不着担心
然后神乐开始讲述自己对局势的细说：
神乐千鹤：从那个时候大蛇封印一直到现在，我作为守护者一直在守护着它
神乐千鹤：而且这一次，那些人想利用我们的能力来破坏封印
神乐千鹤：他们想打败我们，然后毁灭我们一族
神乐千鹤：那样的话封印自然会被解开的
神乐千鹤：不过我还是有残余的力量的
神乐千鹤：这个力量......
就在这时，我们拳皇系列的第三位主人公——阿修出场了
阿修：那可不行
阿修：我想你的力量已经不是你的东西了
阿修：而且她还有重大的任务呢
阿修：是时候该拿走你的力量了。
然后神乐就被袭胸了，是的，被袭胸了ORZ
阿修：那么......
阿修：在哪里呢？
神乐千鹤：啊！
阿修：啊，在这儿呢。
港漫里面的话是阿修用手把八咫镜吸到了自己的手上，也算是和谐了一点吧...
阿修：这下我的目的也达成了
阿修：那么就......
阿修：还给你！
草薙京接住了神乐，愤怒的质问阿修：
草薙京：你这家伙做了什么？
阿修：只是获取了一点小小的帮助而已
这时阿修很嚣张的说出了他的下一个目标：
阿修：嗯，那下一个是谁呢？
阿修：是的，就是他了
阿修：就是你了，八神庵
阿修：我想你也不会讨厌我的吧
八神庵：哼，谁会理你这家伙啊
八神对阿修发出了攻击
八神庵：相对的，你应该想到我会把你碎尸万段！
但是阿修早有准备，躲开了
阿修：我倒是很期待呢
阿修：这回我先失礼了，我先走了
阿修：哈哈哈哈哈......
阿修在大笑声中离去了，这时镜头给到了草薙京：
草薙京：这是何种家伙啊！
草薙京：阿修克里门森、大蛇还有那个无界
草薙京：我绝对不会再退缩了
草薙京：我的草薙之血已经在骚动了
草薙京：这已经超越了我预想的那样了，这也不是一场大会就能解决的了
草薙京：这已经让我很火大了！
伴随着草薙之火的熊熊燃烧，KOF2003的剧情就结束了。K的力量突然暴走也就是因为上图草薙京的关系，阿修在和同伴告别之后就来偷袭了神乐，拿走了镜子。这里概念一下，阿修之所以能得手，一来他是偷袭，三神器没有防备；而来阿修本身的实力就不弱；第三点就是京庵刚和无界决战，不在最佳状态，神乐就更不用说了。
